在台灣日本腦炎目前為第三類法定傳染病，早在1955年就列為通報傳染病。人類感染後的發病率約0.1 %，死亡率可至10 %。臨床症狀輕者常見發燒、頭痛、噁心、倦怠、腹痛或出現意識障礙及精神症狀。重症病例多以突發高燒、頭痛、嘔吐開始發病，接著出現脊髓膜刺激現象，3至5日出現痙攣、異常行為、肌強直，意識明顯變化甚至昏迷、死亡。對於存活者產生的智力障礙與神經後遺症比例高達 30至50%，尤其容易發生在年幼的孩童與老年人。
日本腦炎盛行於亞洲部分地區，藉由病媒蚊傳播。致病原是日本腦炎病毒，屬於黃病毒科的RNA病毒。在自然界中人類和馬是它的最終宿主，被感染後可能發生腦炎症狀，雖然其他動物也會被感染，但不會出現症狀。特別是豬，被稱為日本腦炎主要的增幅動物或宿主，在感染日本腦炎病毒後，產生抗體時間長，病毒血症濃度又高，豬本身卻毫無症狀，此時若被蚊蟲叮咬，蚊蟲體內便帶有病毒，這些病媒蚊再叮咬人，便會將病毒傳播給人。
台灣主要的病媒蚊包括三斑家蚊與環紋家蚊，大多孳生於水田等地，習性喜歡於黃昏及半夜在屋外吸血並停息。日本腦炎在台灣流行季節也配合蚊蟲繁殖季節，集中在每年的五至十月，病例高峰常出現於六至七月，須預先防範。
因目前醫學界對於日本腦炎還未有特效治療方法，僅能針對症狀給予支持療法。所以控制日本腦炎的方法包括控制病媒蚊、減少蚊蟲叮咬、進行疫苗接種。其中以接種疫苗為最有效的方法，平均而言，接受完整疫苗劑量後，在10年內的疫苗效果仍可超過80％。台灣自從全面接種日本腦炎疫苗後，病例的發生率逐年下降。這幾年來，每年的確定病例大約20至30位，20歲以下所佔比率低於10%。
台灣於1968年開始全面接種日本腦炎鼠腦疫苗（以感染病毒的鼠腦組織為主要原料），而傳統的鼠腦疫苗使用中山株病毒，為非活性疫苗。世界衛生組織認為相對於新型疫苗，鼠腦疫苗接種後的不良反應較多、製造程序未標準化、且需要接種較多劑次，所以應該以其他新型疫苗取代鼠腦疫苗。台灣自2017年起，日本腦炎鼠腦疫苗即將停用。取而代之的疫苗，主要是細胞培養的非活性疫苗，與基因重組的活性減毒疫苗。兩種疫苗的介紹如下：
1. 細胞培養非活性日本腦炎疫苗（Vero cell culture-derived Japanese encephalitis vaccine），台灣獲得藥證的嘉沃日本腦炎疫苗（JEVAL，國光生物科技股份有限公司），含有鋁鹽免疫佐劑。孩童共需接種四劑，時程分別為第一、二劑（基礎劑）在滿 1歲3個月時接種，兩劑接種間隔至少28 天。再來第三劑（第一次追加劑）在基礎劑接種完1 年後接種。最後第四劑（第二次追加劑）是在5-6 歲之後接種。本疫苗與其他非活性疫苗或活性減毒疫苗可同時接種於不同部位，或間隔任何時間接種。
2. 基因重組活性減毒日本腦炎疫苗（Live attenuated chimeric Japanese encephalitis vaccine），台灣獲得藥證的巴斯德細胞型日本腦炎活性減毒疫苗（IMOJEV，Sanofi Pasteur Biologics），其中不含免疫佐劑。孩童共需接種二劑，時程分別為1歲3個月時接種第一劑，再間隔至少12 個月接種第二劑，之後便不必追加疫苗。本疫苗可與其他非活性疫苗，同時接種於不同部位，或間隔任何時間接種。若與麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、德國麻疹疫苗、水痘疫苗等活性減毒疫苗同時接種於不同部位，或間隔至少28 天接種。
新型疫苗的引入，是為了提供孩童更完整持久的保護力，並能減少副作用及降低接種後的不良反應。希望爸媽們正確認識新型疫苗，就不會受到網路上參差不齊的資訊所影響。為了孩童的健康，請記得孩童滿一歲三個月後要去打日本腦炎疫苗！最後補充，自2017年05月22日起，公費日本腦炎疫苗改為巴斯德細胞型日本腦炎活性減毒疫苗（IMOJEV），孩子只要打兩針疫苗就可獲得更多的保護力嘍！
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